IC運賃と紙運賃を比較するとほとんどの場合IC運賃のほうがお得なのだが、いくつか例外がある。
<例外>
(1) JR東日本の次の距離帯では紙運賃のほうが安い。
① 幹線(営業キロ(運賃計算キロ))
【3km以下】140円
【15km超20km以下】320円
【30km超35km以下】580円
【45km超70km以下】840/970/1,140円
【90km超120km以下】1,660/1,940円
【140km超180km以下】2,590/3,020円
【200km超220km以下】3,670円
【260km超280km以下】4,750円
【360km超380km以下】6,260円
【400km超420km以下】6,800円
【440km超460km以下】7,340円
【480km超500km以下】7,880円
【520km超540km以下】8,420円
② 地方交通線(営業キロ)
【3km以下】140円【15km超20km以下】320円
【28km超32km以下】580円
【41km超64km以下】840/970/1,140円
【82km超91km以下】1,660円
【100km超110km以下】1,940円
【120km超164km以下】2,590/3,020円
【182km超200km以下】3,670円
【237km超255km以下】4,750円
これは、紙運賃がIC運賃の1円の位を四捨五入して算出しているためである。したがって、安価であるのは次のとおりとなる。
【四捨距離帯】IC運賃
【五入距離帯】紙運賃
なお、原則としては四捨五入であるが、次の区間については切り上げになっているのでIC運賃のほうが安い。
山手線内(「秋葉原〜新宿」など)
電車特定区間(「千葉〜高尾」など)
特定区間(「新宿〜八王子」など)
(2)  新横浜〜小田原(在来線経由)
この区間については、ICカードで入場すれば在来線の営業キロから運賃算出されるが、「きっぷ」を購入すれば新幹線経由の営業キロから運賃算出される。しかも、券面に「経由:新幹線」と明記されていても在来線経由で利用することができる(選択乗車という)。
【紙運賃】970円 △174円
【五入距離帯】紙運賃
なお、原則としては四捨五入であるが、次の区間については切り上げになっているのでIC運賃のほうが安い。
山手線内(「秋葉原〜新宿」など)
電車特定区間(「千葉〜高尾」など)
特定区間(「新宿〜八王子」など)
    一般に、次なる区間は私鉄との競合区間であり、JR東日本は特定区間と称して特別に安価な運賃を設定している。
        品川~横浜
        品川~横須賀
        渋谷~横浜
        新宿~高尾
        東京~西船橋
        上野~成田
    特に、「品川~横浜」間については、京急よりもJRのほうが安価である。
【JR(IC)】293円
【JR(紙)】300円
【京急(IC)】303円
【京急(紙)】310円
    したがって、特定区間を含む場合は分割案を検討してみるべきである。
【例】柏~横浜
A案(分割)
  ① 柏~品川 650円
  ② 品川~横浜 300円
  計 950円
B案(IC運賃)
  柏~横浜 1,100円
この区間については、ICカードで入場すれば在来線の営業キロから運賃算出されるが、「きっぷ」を購入すれば新幹線経由の営業キロから運賃算出される。しかも、券面に「経由:新幹線」と明記されていても在来線経由で利用することができる(選択乗車という)。
【紙運賃】970円 △174円
【IC運賃】1,144円
(3) 千代田線「西日暮里〜北千住」間
この区間を挟みかつこの区間に近いJR駅同士の紙運賃については、特別に前後のJR区間の営業キロを通算してから運賃算出することになっている(通過連絡運輸という)。しかし、通過連絡運輸はIC運賃には適用されないことになっている。したがって、区間によっては紙運賃のほうが安い。
【例】田端〜新八柱(西日暮里乗換)
【紙運賃】560円 △40円
  【IC運賃】600円
【参考】田端〜新八柱(日暮里乗換)
【紙運賃】570円
【IC運賃】564円 △6円
【参考】田端〜新八柱(日暮里乗換)
【紙運賃】570円
【IC運賃】564円 △6円
なお、千代田線「西日暮里〜北千住」間を挟むJR駅同士であっても、ある区間においてはIC運賃から100円引きという特例があり、やはりIC運賃のほうが安いというケースがある。
【例】田端〜南柏(西日暮里乗換)
【IC運賃】500円 △60円
【IC運賃】500円 △60円
  【紙運賃】560円
【参考】田端〜南柏(日暮里乗換)
【IC運賃】464円 △6円
【IC運賃】464円 △6円
    また、東京メトロとの中間改札の無い私鉄路線を経由する区間については、やはりIC運賃のほうが安いというケースがある。
    これに該当する区間については、ICカードで入場すれば全区間東京メトロ区間として運賃が算出される。しかし乗車経路どおりの「きっぷ」を購入すれば乗車経路どおりの運賃となる。
【例1】中目黒〜池袋(渋谷乗換&副都心線経由)
  【IC運賃】237円  △93円
  【紙運賃】330円
【例2】北千住〜錦糸町(伊勢崎線&半蔵門線経由)
  【IC運賃】237円  △103円
  【紙運賃】340円
【参考】全区間JR線経由
  【IC運賃】216円  △14円
  【紙運賃】230円
(4)  東武ワールドスクウェア〜鬼怒川公園
    この区間の紙運賃については特別運賃が設定されている。詳細はこちら。
  【紙運賃】150円  △15円
    なお、IC運賃の刻みは鉄道会社によって異なる。
①  1円刻み
     JR東日本/東京メトロ/小田急電鉄/京王電鉄/京成電鉄/京浜急行電鉄/相模鉄道/西武鉄道/東京急行電鉄/東武鉄道/首都圏新都市鉄道(つくばエクスプレス)/東京臨海高速鉄道/都営地下鉄など
②  10円刻み
    JR西日本/JR東海/横浜高速鉄道/伊豆箱根鉄道など
